<![CDATA[Форум чл.-корр. РАН д.ф.-м.н. А.В. Савватеева для обсуждения проблем абиогенеза - Проблемы абиогенеза]]> https://abiogeneza.net/forum/ Tue, 27 Oct 2026 18:21:46 +0000 MyBB <![CDATA[Статья о проблемах гидротермального АБ]]> https://abiogeneza.net/forum/thread-14.html Sun, 06 Sep 2026 15:09:03 +0300 Лев Николаевич Пороховник]]> https://abiogeneza.net/forum/thread-14.html https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2613108123]]> https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2613108123]]> <![CDATA[Пространство белковых последовательностей]]> https://abiogeneza.net/forum/thread-9.html Sun, 07 Jun 2026 00:52:11 +0300 Юрий Гармай]]> https://abiogeneza.net/forum/thread-9.html Повод - видеоцитата из презентации Савватеева — кадр из ролика Никитина, "Ответ отрицателю эволюции" (весь ролик, видимо, достоин разбора; но и на самое нужное у нас не так-то много ресурсов, так что это стоит отложить в сторону).

Сам кадр во вложении, а написано там следующее:

Никитин утверждает: Написал:
  • Измерили светимость более 50 тысяч мутантных вариантов зеленого флуоресцентного белка
  • 3 случайных замены аминокислот — 80% сохраняют флуоресценцию
  • 6 случайных замен — 20% всё ещё работают
  • 9 замен ­— 5% функциональных белков
  • Мутантов с 9 заменами возможно 4000 в 9 степени ≈ 2.5*10³² вариантов

Существует минимум 10³⁰ вариантов последовательностей зелёного флуоресцентного белка, а значит, вероятность на них наткнуться достаточно велика!

Алексей справедливо заметил, что из написанного вывод не следует, т.к. для нахождения вероятности надо поделить число пригодных вариантов на их общее число, а для рассматриваемого белка, состоящего из 238 (вероятно, см. ниже) аминокислотных остатков это 20²³⁸, что гораздо больше, чем 2.5*10³².
К этому можно добавить также, что непонятно что такое "4000 в 9 степени" (к слову это 2.6*10³²). Похоже на число аминокислот умноженное на длину цепочки. Но число мутантов ровно с 9 заменами, как мне кажется, считается несколько иначе: надо разложить (1+19)²³⁸ в бином Ньютона и посчитать нужный член. Разве не так? И так получится поменьше, чем у Никитина: 1.9*10²⁷. Но для нахождения объёма области в пространстве последовательностей надо суммировать число мутантов с одной заменой, с двумя и т.д. (и с нулём тоже, хотя это пренебрежимо мало Smile ). Конечно, после забывания знаменателя это мелочи, но впечатление наплевательства к деталям (или непонимания) добавляет.

Есть более существенное с точки зрения биологии замечание: что такое все эти "сохраняют флуоресценцию", "всё ещё работают" и т.д.? Впрочем, это следует понять, как "отбор зацепится" (с точки зрения Никитина), но тут опять же пренебрежение деталями.

Здесь у меня возник вопрос, какую статью цитирует Никитин? Кто-нибудь может дать ссылку? Это интересно, потому что с чем у Никитина можно согласиться, так это с самой идеей, что считать объём функциональных последовательностей надо правильно. Сходу я смог найти одну похожую работу:
  • [PDF] Sarkisyan, K. S., Bolotin, D. A., Meer, M. V., Usmanova, D. R., Mishin, A. S., Sharonov, G. V., ... & Kondrashov, F. A. (2016). Local fitness landscape of the green fluorescent protein. Nature, 533(7603), 397-401.
Работа интересная, но, по-моему, не совсем соответствующая тому, что сказал Никитин (и с их математикой мне тоже не всё понятно). Постараюсь сказать об этой работе пару слов, но пока нет времени.

.png   YouTube_fyaF8JCZsg0_13-26.png (Размер: 713.06 KB / Загрузок: 3) ]]> Повод - видеоцитата из презентации Савватеева — кадр из ролика Никитина, "Ответ отрицателю эволюции" (весь ролик, видимо, достоин разбора; но и на самое нужное у нас не так-то много ресурсов, так что это стоит отложить в сторону).

Сам кадр во вложении, а написано там следующее:

Никитин утверждает: Написал:
  • Измерили светимость более 50 тысяч мутантных вариантов зеленого флуоресцентного белка
  • 3 случайных замены аминокислот — 80% сохраняют флуоресценцию
  • 6 случайных замен — 20% всё ещё работают
  • 9 замен ­— 5% функциональных белков
  • Мутантов с 9 заменами возможно 4000 в 9 степени ≈ 2.5*10³² вариантов

Существует минимум 10³⁰ вариантов последовательностей зелёного флуоресцентного белка, а значит, вероятность на них наткнуться достаточно велика!

Алексей справедливо заметил, что из написанного вывод не следует, т.к. для нахождения вероятности надо поделить число пригодных вариантов на их общее число, а для рассматриваемого белка, состоящего из 238 (вероятно, см. ниже) аминокислотных остатков это 20²³⁸, что гораздо больше, чем 2.5*10³².
К этому можно добавить также, что непонятно что такое "4000 в 9 степени" (к слову это 2.6*10³²). Похоже на число аминокислот умноженное на длину цепочки. Но число мутантов ровно с 9 заменами, как мне кажется, считается несколько иначе: надо разложить (1+19)²³⁸ в бином Ньютона и посчитать нужный член. Разве не так? И так получится поменьше, чем у Никитина: 1.9*10²⁷. Но для нахождения объёма области в пространстве последовательностей надо суммировать число мутантов с одной заменой, с двумя и т.д. (и с нулём тоже, хотя это пренебрежимо мало Smile ). Конечно, после забывания знаменателя это мелочи, но впечатление наплевательства к деталям (или непонимания) добавляет.

Есть более существенное с точки зрения биологии замечание: что такое все эти "сохраняют флуоресценцию", "всё ещё работают" и т.д.? Впрочем, это следует понять, как "отбор зацепится" (с точки зрения Никитина), но тут опять же пренебрежение деталями.

Здесь у меня возник вопрос, какую статью цитирует Никитин? Кто-нибудь может дать ссылку? Это интересно, потому что с чем у Никитина можно согласиться, так это с самой идеей, что считать объём функциональных последовательностей надо правильно. Сходу я смог найти одну похожую работу:
  • [PDF] Sarkisyan, K. S., Bolotin, D. A., Meer, M. V., Usmanova, D. R., Mishin, A. S., Sharonov, G. V., ... & Kondrashov, F. A. (2016). Local fitness landscape of the green fluorescent protein. Nature, 533(7603), 397-401.
Работа интересная, но, по-моему, не совсем соответствующая тому, что сказал Никитин (и с их математикой мне тоже не всё понятно). Постараюсь сказать об этой работе пару слов, но пока нет времени.

.png   YouTube_fyaF8JCZsg0_13-26.png (Размер: 713.06 KB / Загрузок: 3) ]]> <![CDATA[Методы апостериорного распознавания дизайна в конфигурациях материи]]> https://abiogeneza.net/forum/thread-8.html Fri, 05 Jun 2026 00:04:14 +0300 ESelensky]]> https://abiogeneza.net/forum/thread-8.html
Примеры дизайнов:
- авторучка
- данный текст
- персональный компьютер
- пятно краски, специально оставленное маляром на стене

Агентом может выступать, естественно, человек, группа людей, животное, группа животных, искусственный интеллект, системы автоматического принятия решений. Для определенности и простоты можно совершенно исключить из рассмотрения сознание, так как оно не влияет на постановку задачи.

Проблема в самой общей постановке: возможно ли и, если да, то при каких условиях, распознать дизайн пост-фактум в некоторой конфигурации материи? Применима ли в распознавании дизайна абдукция как поиск наилучшего в некотором смысле объяснения наблюдаемой конфигурации материи?

Схема абдукции:

1. Если H, то объясняется E.
2. Наблюдается Е.
3. Следовательно, возможно H.

Критерием качества при оценке объяснений может выступать обширность эмпирической базы (подтверждений абдуктивного предположения).

- Если я знаю, что некоторые деревья искусственно подрезаются садовником, насколько я могу полагаться на предыдущий опыт наблюдений подрезания деревьев при наблюдении дерева, крона которого имеет строгую геометрическую форму?
- Если я знаю, что пулевое ранение определенного типа несовместимо с жизнью, то при наблюдении нескольких таких ранений на теле потерпевшего можно ли с достаточной для суда убедительностью исключить самоубийство?
- Если я знаю, что человек может писать осмысленный текст, то в какой мере я могу положиться на то, что мой собеседник на этом форуме -- реальный агент, а не случай+закономерность (что комментарий написал человек, а не кошка пробежала по клавиатуре)?
- Если вышеприведенные примеры кажутся очевидными, то нельзя ли применить ту же самую логику распознавания дизайна к биологической организации на том основании, что во всей обозримой вселенной подобные биологическим структуры может создавать разум (информационно-технологические системы) и как результат природных регулярностей без участия агента они нигде не наблюдаются? Если нельзя, то почему нельзя?]]>
Примеры дизайнов:
- авторучка
- данный текст
- персональный компьютер
- пятно краски, специально оставленное маляром на стене

Агентом может выступать, естественно, человек, группа людей, животное, группа животных, искусственный интеллект, системы автоматического принятия решений. Для определенности и простоты можно совершенно исключить из рассмотрения сознание, так как оно не влияет на постановку задачи.

Проблема в самой общей постановке: возможно ли и, если да, то при каких условиях, распознать дизайн пост-фактум в некоторой конфигурации материи? Применима ли в распознавании дизайна абдукция как поиск наилучшего в некотором смысле объяснения наблюдаемой конфигурации материи?

Схема абдукции:

1. Если H, то объясняется E.
2. Наблюдается Е.
3. Следовательно, возможно H.

Критерием качества при оценке объяснений может выступать обширность эмпирической базы (подтверждений абдуктивного предположения).

- Если я знаю, что некоторые деревья искусственно подрезаются садовником, насколько я могу полагаться на предыдущий опыт наблюдений подрезания деревьев при наблюдении дерева, крона которого имеет строгую геометрическую форму?
- Если я знаю, что пулевое ранение определенного типа несовместимо с жизнью, то при наблюдении нескольких таких ранений на теле потерпевшего можно ли с достаточной для суда убедительностью исключить самоубийство?
- Если я знаю, что человек может писать осмысленный текст, то в какой мере я могу положиться на то, что мой собеседник на этом форуме -- реальный агент, а не случай+закономерность (что комментарий написал человек, а не кошка пробежала по клавиатуре)?
- Если вышеприведенные примеры кажутся очевидными, то нельзя ли применить ту же самую логику распознавания дизайна к биологической организации на том основании, что во всей обозримой вселенной подобные биологическим структуры может создавать разум (информационно-технологические системы) и как результат природных регулярностей без участия агента они нигде не наблюдаются? Если нельзя, то почему нельзя?]]> <![CDATA[Проблема информации в абиогенезных моделях]]> https://abiogeneza.net/forum/thread-6.html Thu, 04 Jun 2026 15:31:27 +0300 ESelensky]]> https://abiogeneza.net/forum/thread-6.html
Приглашаем к обсуждению фундаментальной проблемы абиогенеза, лежащей на стыке молекулярной биологии и теории информации. Постулат «жизнь есть химия плюс информация» требует строгого разграничения материального носителя и кодируемого им содержания. В связи с этим предлагаются к разбору следующие тезисы:

Информационный барьер: Успешное моделирование пребиотических путей (поиск химического субстрата) не эквивалентно выявлению источника управляющей информации. Проблема абиогенеза — это в первую очередь проблема происхождения алгоритма, а не только его полимерного носителя.

Несводимость к шенноновской энтропии: Синтаксический подход оценивает лишь статистическую упорядоченность или пропускную способность канала, оставаясь индифферентным к содержанию.

Критерий функциональности: Модель биоинформации должна оперировать понятиями заданной (функциональной) сложности. Информация в биологическом контексте обладает семантикой, поскольку она жестко детерминирована конкретной биологической или каталитической функцией в живой системе.

Предлагаем рассмотреть математические и биофизические ограничения современных моделей в контексте генерации нового функционального контента.
В терминах биосемиотики, проблема происхождения информации в биоте - это проблема происхождения семиотического ядра -- токен-интерпретант-референт -- на различных уровнях биологической организации. Американский биофизик Говард Патти, работы которого основываются на трудах Джона фон Неймана, говорит об этой проблеме как о проблеме эпистемного сечения "материя-символ": биологическая организация обязана включать контур воспроизведения, что включает, по Нейману, как интерпретацию содержимого памяти в качестве инструкций синтеза белков, так и пассивное копирование инструкций в памяти. Эпистемное сечение представлено в организмах как неинтегрируемые неголономные ограничения на движение частиц материи в системе. Эти ограничения являются символьными и используют вырожденность допустимых энергетических состояний (практическое отсутствие физической и химической избирательности при формировании линейной структуры биополимерных носителей биологической информации). Эти прагматические смысловые ограничения несводимы к законам движения материи, но являются дополнительным к этим законам. В этом контексте, в линейной структуре биополимерных носителей биологической информации наблюдается полная аналогия с носителями текстовой информации: смысл текста на бумажном носителе не сводится к закономерностям, описывающим растекание чернил по бумаге, к капиллярному эффекту и пр. За исключением биоты, единственный известный науке пример подобной организации (токен-интерпретант-референт) во всей обозримой вселенной -- это заведомые артефакты, корреляты интеллекта (формальные языки, естественные языки человеческого общения, математика).]]>
Приглашаем к обсуждению фундаментальной проблемы абиогенеза, лежащей на стыке молекулярной биологии и теории информации. Постулат «жизнь есть химия плюс информация» требует строгого разграничения материального носителя и кодируемого им содержания. В связи с этим предлагаются к разбору следующие тезисы:

Информационный барьер: Успешное моделирование пребиотических путей (поиск химического субстрата) не эквивалентно выявлению источника управляющей информации. Проблема абиогенеза — это в первую очередь проблема происхождения алгоритма, а не только его полимерного носителя.

Несводимость к шенноновской энтропии: Синтаксический подход оценивает лишь статистическую упорядоченность или пропускную способность канала, оставаясь индифферентным к содержанию.

Критерий функциональности: Модель биоинформации должна оперировать понятиями заданной (функциональной) сложности. Информация в биологическом контексте обладает семантикой, поскольку она жестко детерминирована конкретной биологической или каталитической функцией в живой системе.

Предлагаем рассмотреть математические и биофизические ограничения современных моделей в контексте генерации нового функционального контента.
В терминах биосемиотики, проблема происхождения информации в биоте - это проблема происхождения семиотического ядра -- токен-интерпретант-референт -- на различных уровнях биологической организации. Американский биофизик Говард Патти, работы которого основываются на трудах Джона фон Неймана, говорит об этой проблеме как о проблеме эпистемного сечения "материя-символ": биологическая организация обязана включать контур воспроизведения, что включает, по Нейману, как интерпретацию содержимого памяти в качестве инструкций синтеза белков, так и пассивное копирование инструкций в памяти. Эпистемное сечение представлено в организмах как неинтегрируемые неголономные ограничения на движение частиц материи в системе. Эти ограничения являются символьными и используют вырожденность допустимых энергетических состояний (практическое отсутствие физической и химической избирательности при формировании линейной структуры биополимерных носителей биологической информации). Эти прагматические смысловые ограничения несводимы к законам движения материи, но являются дополнительным к этим законам. В этом контексте, в линейной структуре биополимерных носителей биологической информации наблюдается полная аналогия с носителями текстовой информации: смысл текста на бумажном носителе не сводится к закономерностям, описывающим растекание чернил по бумаге, к капиллярному эффекту и пр. За исключением биоты, единственный известный науке пример подобной организации (токен-интерпретант-референт) во всей обозримой вселенной -- это заведомые артефакты, корреляты интеллекта (формальные языки, естественные языки человеческого общения, математика).]]>